Il est ancien élève de l'Ecole Navale, de l'Ecole Supérieure de Guerre Navale et ancien auditeur de l'Institut des Hautes Etudes de la Défense Nationale.

Il a servi sur une dizaine de bâtiments de combat de la Marine en Atlantique, Océan Pacifique et Océan Indien. Il a commandé les patrouilleurs Jasmin et La Dunkerquoise, l'aviso-escorteur Doudart de Lagrée (1988-89) et la frégate de lutte anti-sous-marine Tourville(1992-93).

Il a été pendant plusieurs mois professeur de stratégie navale en République Populaire de Chine.

A l'Etat-major de la Marine à Paris, il a notamment été responsable des programmes de lutte sous la mer et chef du bureau des « études et plans généraux », en charge des programmes futurs (en particulier le programme des frégates multimissions) ainsi que des travaux de planification et de programmation.

Il a également servi au cabinet du chef d'état-major des armées (1989-91) et, plus récemment, (1997-99) au cabinet militaire du Premier Ministre.

Promu contre amiral le 1er octobre 1999, il a été nommé le 1er juillet 2000 préfet maritime de la Manche et de la mer du Nord, commandant la zone maritime Manche mer du Nord.

En juillet 2001 il a pris le commandement de la zone maritime de l'océan Indien, embarqué à bord du bâtiment de commandement et de ravitaillement Var.

A son retour en métropole, il est nommé président de la commission permanente des programmes et des essais des bâtiments de la flotte à Paris.

Par décision du conseil des ministres du 21 janvier 2004, le vice-amiral Mérer est élevé au rang et appellation de vice-amiral d'escadre, et nommé commandant de la zone maritime Atlantique, commandant la région maritime Atlantique, et préfet maritime de l'Atlantique.